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第二次冲击之后第一使徒消失，而第二使徒莉莉丝则是被之后来到的人类整个的运送到了当时的地下科技研究所箱庭，也就是现在的nerv并且将其封印在中央教条。为此人类度过了将近十四年的平静生活。不过在这种生活在研究所里面的人们却为了下一次的革新而不断的进行着研究。
死海文书，eva，使徒…朗基努斯枪…
这些都是在之后才会出现的东西，不过剧本早就在十四年前就已经由大人们通过解析死海文书而得出的结果以及过程。不过在这当中并没有人知道会出现变故，所有的人都认为之后的一切会根据着这个剧本而进行着但是…
“舍弃人类的形态…跨向神化过程中出现的形态…天使化。这样的事情怎么可能…”
看着三号机自我暴走后出现的样子，碇司令直接从凳子上站了起来，双眼看着屏幕上发生的一切。碇司令根本就不想相信现在所发生的一切都是真的。虽然之前在解析死海文书的时候有听到过关于神化的事情，但是在这其中并没有看到或者听别人说过关于现在三号机变成的形态。
“阿碇…这到底是…死海文书的解析不是已经完全完成了吗？”
对于冬月的问题，碇司令没有给出最直接的回答。因为连他自己都不知道现在到底发生了什么事情。而初号机的傀儡系统还能够行动的时间剩下180秒。尽管不知道能不能阻止现在的三号机，不过碇司令认为现在还是应该让初号机上去…处理掉三号机，保护初号机以及里面的核心才是现在的关键。
“命令不变！现在开始舍弃eva三号机并进行处理，直到其机能完全停止！”
和刚才说的话一样，碇司令最终还是下达了这个命令，而伊吹则还是和刚才一样站在那边。对于司令所下达的这个完全没有人性的命令，伊吹绝对不会执行！哪怕是结束掉自己的生命她也不会给现在操控着初号机的傀儡系统下达任何一条杀戮的命令。
坐在驾驶舱内，看着完全不动的初号机…我的思维以及全身的神经都已经和三号机连接在了一起，加上自我的暴走代码启动之后，三号机逐渐的跨向了神化的过程，不过还是无法达到…毕竟那那只有莉莉丝的复制体才有可能办到的。而三号机以及其余的eva不过就是亚当的复制体而已，所以最多兽化或者现在的天使化。
“只要将初号机的核心拉出来就能够结束这一切了…这个世界也不会毁灭，更不会有第三次冲击！”
操纵着三号机慢慢朝着静止不动的初号机走去，背后的一对光翼以及头顶上的光圈不断的散发着白色的光芒，自身的a.tfield也在靠近的过程中不断的侵蚀着初号机的力场，为的就是在自己来到初号机面前的时候不会因为力场的问题而将自己与其隔阂。
看着三号机的行为，总部的所有人都陷入了沉默，甚至连呼吸都开始慢慢的消失…每一个人都不知道现在的三号机到底想对初号机做些什么。而司令所下达的命令伊吹也没有执行，如果就这样能够停止的话那么一切也都是能够在控制范围之内但是所有人都知道这是不可能的。
初号机的暴走每一个人都见识过，不单单是通过现在的傀儡系统。自我的暴走也有好几次，而且每一次都会将使徒给完全消灭干净。如果在三号机接近的过程中初号机自我暴走的话那么毫无疑问三号机会战败，甚至连驾驶员都有可能的为此丢掉生命。
来到了还在傀儡系统操作下但是却已经静止不动的初号机，我慢慢的通过a10神经将是三号机的右手伸了起来并且举到了初号机的胸前…就像刚才自己说的那样，只需要将初号机体内的核心取出并且破坏的话那么一切就能够结束。
没有冲击，没有使徒，当然…人类也会为此获得解救。而正是因为初号机是通过莉莉丝的肉体直接建造的，所以在体内有着和其余eva一样的核心，不过不同的是初号机的核心几乎拥有s2机关的一切。就这点来说其余的eva并不存在，所以只需要将这个核心拿出来并且破坏的话一切都能够结束了…但是，或许我将这些事情想的太简单了。
【系统启动…攻击开始！】
在三号机的右手快要接触到初号机胸部的装甲时，原本已经沉默很久的初号机突然间抬起了自己的左手并且死死的握住了三号机那由漆黑装甲所构成的右手。
“再启动！？该死的…碇源堂那个混蛋！”
发现这点不对劲的我立马通过神经连接操纵着三号机使其挣脱，但是不知道为什么…自己挣脱的力量越是强，初号机的左手握力也增加的越快。在代码反转之后自己与三号机的神经连接同步率到达了百分之八十。而插入栓驾驶舱的位置也已经下降到了危险区域，如果在继续下去的话可能会直接进行精神污染。
【呜呜呜呜…】
初号机的嘴中发出了这种让人听着就觉得恶心的声音，好像就在告诉我自己应该是它的食物一样。使徒的复制体，莉莉丝的肉身为基础所建造，人类的灵魂和使徒进行共存。这一切都看的出来无论是碇司令还是seele那群老家伙到底是有多么的疯狂…
“妈的，给你一只手好了，混蛋！！！”
看到自己无法挣脱的时候，我果断的切断了自己与三号机的手臂神经连接并且在连接切断之后三号机的右手手腕因为初号机握力过大的原因直接被捏断掉。见状的我快速的操纵着三号机向后跳了一步，而右手手腕也因为这一动作直接从自己的手臂上断掉并且喷出了大量红色的鲜血。
“初号机…再启动…怎么会！我们并没有给傀儡系统下达命令啊…这到底是…”
看着初号机刚才的动作，伊吹完全惊住了。虽然知道初号机很有可能会自我启动并且暴走，但是没有想到在完全和驾驶员切断连接之后还能够通过傀儡系统来进行这样的行为。说到底…eva到底是什么…
将从三号机身上扯下来的右手手腕朝边上一扔，初号机将自己的身体蹲下不断的喘着气。这样的行为根本就不像是机器人…反倒是像一个人类。
胸口，背部以及肩膀处的装甲也几乎在一瞬间破碎崩裂…但是和三号机不同的是，初号机看上去是通过自己的力量将这些装甲给解除。原本张开的嘴中应该是红色的牙齿渐渐的变成了白色，那机械般的眼睛也出现了人类的瞳孔。看着自己眼前的猎物，初号机趴在地上慢慢的朝前走去…
“靠自己的力量解除了约束装甲吗？没想到居然会在这个时候出现…世界线已经被我改变了吗？！”
从进入这个世界开始，我就一直怀疑世界线因为我的介入而改变，但是从之前所发生的一切来看剧情和自己在现实中看过的剧情完全没有什么区别所以自己也没有过多的犹豫和疑问。但是就这次来说，明日香代替自己驾驶带有s2机关的四号机，被第九使徒侵蚀后来到了这里…搭载傀儡系统的初号机出动并且通过暴走将四号机撕扯成碎片…
这一切都是出乎了我的预料，也许和碇司令的剧本是一样。不过就现在这种糟糕的情况无论如何我都要组织初号机…如果仍由初号机继续发展的话一定会引起和莉莉丝的共鸣并且引起第三次冲击。不管怎么样这样的事情绝对不允许发生…至少现在不行！
“既然这样的话那么就别怪我下狠手了！真嗣…忍耐住啊！”
操纵着三号机，我再一次的进行了深度的神经同步。现在的我已经无所谓自己是不是会进入危险区域，也不管自己到底会不会因为精神污染而让自己成为植物人，现在只需要能够打败初号机就好了！那个时候如果能够将明日香救出来的话就好了。
定下了自己的觉醒，三号机顺从着我的意识用最快的速度跑到了初号机的面前，还没有等初号机反应过来的时候我操纵着三号机一脚直接提到了初号机的下巴上面，金属与金属之间的碰撞让人不由的觉得胆寒。不过让所有人惊讶的是，被三号机这么用力的一脚踢中下巴的初号机并没有直接飞过去，只是抬了一下自己脑袋之后初号机将自己的嘴巴咬在了三号机的右脚腿部，白色的牙齿咬碎了腿部的装甲并且直接镜三号机的右脚给咬了下来不断的咀嚼着。那和人类眼睛一模一样的瞳孔流露出的是贪婪…以及不满！
“焱君！你会死的…快住手啊！不要再下去了！快住手啊啊！”
“可恶…明明那个时候有机会将明日香救出来的…哪怕是和全世界为敌！哪怕是和你为敌！我也不在乎！！！”
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